檢方強調，對於陳垣崇放棄美國高薪，返台協助生技製藥產業的決心，深表感佩，但也呼籲相關主管機關正視國內生技專利研發及相關製藥產業之現實困境及法令不足，積極研商對策，或尋求立法解決。
檢方指出，中研院生醫所自九十一年起向中研院及國家科學委員會申請補助，由陳垣崇擔任計畫主持人開發「因使用癲癇藥物及痛風藥物所引起的 藥物不良反應之風險檢測方法」、「增加華法林用藥安全性及降低其可引發藥物不良反應之風險檢測方法」兩項專利，耗資一億七千多萬元。
九十五年間，由陳垣崇親友出資成立的世基生醫公司，成功取得兩項專利專屬授權；中研院並以一千五百多萬元，向世基採購由該兩項專利開發的快速基因檢測試劑，被檢調懷疑圖利及違反採購法。
但經過檢方冗長的查證後，認為依照科學技術基本法，中研院技術授權轉移不適用政府採購法；而當初並無廠商願意承接，陳垣崇基於前院長李遠哲指示扶持國內生技產業發展，「促進研究發展，增進社會、國家、世界福指」之目的，在不違反公平原則下取得授權，並無圖利犯意。
檢察官還指出，投資生技研發猶如「死亡之谷」，通常只有「３Ｆ」即家人（family）、朋友（friend）、傻瓜（fool）才會扮演天使投資人角色，陳垣崇為吸引市場投資新藥研發，不得不邀集親友幫忙，難認有圖利故意。
而中研院向世基採購試劑是為了執行兩者產學合作計畫，並無違反採購法及圖利，認為陳垣崇、中研院公共事務室主任梁啟銘、研究技師鄔哲源、助理技師李明達、所長秘書陳珮玲等人罪嫌不足，處分不起訴。
士林地檢署追查中研院生醫所前所長陳垣崇涉嫌圖利弊案，意外發現行政院衛生署前副署長張鴻仁，擔任陳垣崇出資成立的世基生醫公司董事職務，違反公務員服務法中的「旋轉門條款」規定，在離職後三年內擔任與先前職務相關的營利事業董事，昨依違反公務員服務法提起公訴。
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